La fondazione della Chiesa, situata nel suggestivo contesto della Villa comunale, avvenne nel 1618 grazie all’iniziativa del duca Don Giovanni Guevara e della Duchessa Giulia Boncompagni, che decisero di costruirla in segno di gratitudine per un voto fatto a San Francesco d’Assisi. Cinque anni dopo, nel 1623, fu eretto l’annesso Convento, destinato ad accogliere i Padri Cappuccini, cui fu affidata la responsabilità di guidare la Chiesa. Inizialmente, il Tempio presentava un’unica navata affiancata da tre cappelle sulla destra, ma nel corso dei secoli ha subito diverse significative modifiche, che hanno alterato il suo assetto originario. All’interno della Chiesa, l’altare maggiore seicentesco è decorato con un elegante polittico di tele a olio, risalente al 1664, attribuibile parzialmente all’artista M. Regolia. Un elemento di spicco dal punto di vista artistico è il Tabernacolo in ebano, impreziosito da intagli e intarsi in avorio, caratterizzato da una “cupola a padiglione” sorretta da colonnette corinzie e sormontata da una croce in avorio. Questa raffinata opera, realizzata dal Persico nel 1627, rappresenta un esempio di alto artigianato. Nella navata destra, dedicata a Sant’Antonio da Padova, si trova una bellissima statua del Santo, proveniente dalla tradizione veneziana, testimoniando l’importanza artistica e culturale di questo luogo di culto.